Como colocar separador de mil em registros MySQL?

Use o método FORMAT() para isso. Vamos primeiro criar uma tabela:

mysql> create table DemoTable
   -> (
   -> Amount DECIMAL(10,2)
   -> );
Query OK, 0 rows affected (0.45 sec)

Insira alguns registros na tabela usando o comando insert:

mysql> insert into DemoTable values(84848757.60);
Query OK, 1 row affected (0.14 sec)

mysql> insert into DemoTable values(95868685.50);
Query OK, 1 row affected (0.15 sec)

mysql> insert into DemoTable values(4242342.36);
Query OK, 1 row affected (0.21 sec)

Exiba todos os registros da tabela usando a instrução select:

mysql> select *from DemoTable;

Saída

+-------------+
| Amount      |
+-------------+
| 84848757.60 |
| 95868685.50 |
|  4242342.36 |
+-------------+
3 rows in set (0.00 sec)

A seguir está a consulta para definir o separador no MySQL:

mysql> select format(Amount,2) from DemoTable;

Saída

+------------------+
| format(Amount,2) |
+------------------+
| 84,848,757.60    |
| 95,868,685.50    |
| 4,242,342.36     |
+------------------+
3 rows in set (0.00 sec)